第二次世界大戦中、文化財保護の意味から戦時中から、金堂は疎開のため、上層部は解体され、 壁画は模写作業が行われていました。戦後もこの作業が続き、壁画の模写班が暖を取るために電気座布団 を使用していましたが昭和24年（1949）1月26日の早朝にこの電気座布団から出火し、金堂は焼失しま した。しかし、幸いなことに、解体修理工事中であったため、金堂の屋根を含む上層部構造物と仏像は、 他の場所に保管していたので、難を免れました。残念ながら下層部構造物と壁画は、焼失してしまいま した。（この火災を契機にして、1月26日を全国的に文化財防火デーとしています。）
金堂内には、 6世紀から14世紀に造られた仏像が安置されています。これらの仏像の中で重要なのは、薬師如来像と 釈迦三尊像です。薬師如来像（飛鳥時代）は、用明天皇のために、釈迦三尊像（飛鳥時代）は、聖徳太子 のために造られたと言われています。

薬師如来像	釈迦三尊像